Tonggak berdirinya Universitas Nusa Mandiri berawal dari motivasi luhur untuk memuliakan kehidupan bangsa Indonesia. Yayasan Indonesia Nusa Mandiri merasa terpanggil untuk berkontribusi dalam pembangunan nasional, khususnya di bidang pendidikan. Pembangunan yang tengah dan akan terus dilakukan oleh anak bangsa tidak dapat dipisahkan dari perkembangan serta kemajuan teknologi informasi. Situasi ini menuntut adanya kemampuan untuk berinovasi, bersinergi, dan beradaptasi dengan teknologi yang berorientasi pada kebutuhan masyarakat. Namun, kemampuan berinovasi serta implementasi teknologi di tengah masyarakat masih belum optimal. Inilah yang menjadi latar belakang pendirian Sekolah Tinggi Manajemen Informatika dan Komputer (STMIK) Nusa Mandiri, yang kemudian berkembang menjadi Universitas Nusa Mandiri.
Perjalanan ini dimulai pada 8 Agustus 2001, ketika Yayasan Indonesia Mandiri, di bawah kepemimpinan Bapak Sigit Swasono, secara resmi menjalankan misi mulia di bidang pendidikan. Legalitas pendirian ini diperkuat dengan diterbitkannya Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No. 17/DO/2003, yang memberikan izin penyelenggaraan pendidikan dengan nama STMIK Nusa Mandiri. Pada awalnya, STMIK Nusa Mandiri hanya menyelenggarakan program pendidikan Strata Satu (S1) dengan dua program studi, yaitu Sistem Informasi dan Teknik Informatika.
Seiring dengan perkembangan dan tuntutan dunia pendidikan, STMIK Nusa Mandiri terus bertumbuh. Pada 27 Agustus 2008, institusi ini secara resmi membuka program pascasarjana (S2) dengan Program Studi Ilmu Komputer, setelah memperoleh izin penyelenggaraan melalui Surat Keputusan Nomor 2858/D/T/2008. Transformasi besar kemudian terjadi pada 5 April 2021, ketika STMIK Nusa Mandiri secara resmi beralih status menjadi Universitas Nusa Mandiri. Perubahan ini diresmikan melalui Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 82/E/O/2021, yang mengesahkan penggabungan STMIK Nusa Mandiri Jakarta dan Akademi Pariwisata Tridaya Jakarta menjadi Universitas Nusa Mandiri di bawah naungan Yayasan Indonesia Nusa Mandiri.
Terbaru, berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 414/E/O/2024 yang ditetapkan pada 8 Juli 2024, Universitas Nusa Mandiri resmi mendapatkan izin pembukaan Program Studi Informatika jenjang Doktor (S3), yang diselenggarakan oleh Yayasan Indonesia Nusa Mandiri. Universitas Nusa Mandiri mengelola dua fakultas, yaitu:
Sampai saat ini kami selalu melakukan inovasi, berkembang dan beradaptasi dengan berbagai hal yang arahnya berorientasi untuk pendidikan bangsa.